Mannskapet om bord på skipet Mærsk Etienne plukket opp migrantene som var på vei fra Libya den 4. august.
Redningen skjedde etter en anmodning fra Malta, men statsminister Robert Abela har siden sagt at landet ikke har noe ansvar for migrantene.
FNs høykommissær for flyktninger (UNHCR), Den internasjonale organisasjonen for migrasjon (IOM) og Det internasjonale Rederiforbundet (ICS) mener det er brudd på internasjonal rett å nekte migrantene å forlate skipet.
Organisasjonene retter ikke kritikken mot Malta, men oppfordrer EUs land i Middelhavsregionen til å øke hjelpeinnsatsen og andre EU-land til å ta imot flere migranter.
– Forholdet blir stadig verre om bord, og vi kan ikke lenger sitte og se på mens myndighetene ignorerer situasjonen for disse menneskene, sier generalsekretær Guy Platten i ICS.
Det danske rederiet Mærsk opplyste søndag at tre av migrantene hoppet over bord før mannskapet reddet dem. Rederiet sier videre at skipet ikke er utstyrt for redningsaksjoner eller for å huse migranter.
Danske myndigheter peker på at migrantene er Tunisias ansvar fordi båten deres ble funnet drivende i tunisisk farvann.
I første halvår i år har 14.481 personer tatt seg sjøveien fra Libya i forsøket på å nå Europa, ifølge tall fra UNHCR.