Spanias sjøredningstjeneste opplyser mandag kveld at båten ble oppdaget 265 sjømil sørøst for El Hierro, den nest minste av øyene i øygruppen.
Et helikopter ble sendt ut og klarte å berge de tre overlevende, opplyser en talskvinne.
Alle om bord på båten kom fra afrikanske land sør for Sahara, ifølge redningstjenesten. Det er foreløpig uklart hvor båten seilte ut fra.
På det korteste er strekningen på sjøveien fra den marokkanske kysten til Kanariøyene rundt 100 kilometer. Ruten betraktes som særlig farlig på grunn av sterke strømmer. Båtene som frakter flyktninger og migranter denne veien, er ofte overfylte og i dårlig stand.
Antallet migranter som ankommer øygruppa, har skutt fart etter at økte patruljer langs Europas sørkyst førte til et drastisk fall i ankomstene over Middelhavet.
Menneskerettsgrupper har advart om at pandemien fører flere på flukt. Mange som jobbet med turisme, fiske eller i uformell sektor, velger å reise eller å hjelpe andre med å reise som følge av den økonomiske krisen, heter det.
Rundt 3.400 mennesker ankom Kanariøyene mellom 1. januar og 31. mars i år, over dobbelt så mange som i samme periode i fjor.
Minst 849 mennesker omkom eller forsvant i forsøket på å nå Kanariøyene i 2020, mens 23.000 kom fram i live, ifølge FN.
