De to landene forsøkte å få domstolen til å stanse denne typen reaksjoner. Men kjennelsen onsdag gikk i stedet i EU-kommisjonens favør.
EU må ha muligheten til å forsvare sine verdier, mener domstolen. Dermed er det mulig å holde tilbake midler til land som bryter prinsipper som er viktige for å opprettholde demokrati og rettsstat.
Regjeringen i Polen kaller kjennelsen et angrep på landets suverenitet. Den ungarske regjeringen mener rettsavgjørelsen viser at EU misbruker sin makt.
Kommisjonen mener rettslige reformer i Polen har undergravd dommernes uavhengighet. I tillegg må Polen godta at EUs lover er overordnet landets egne lover.
I Ungarn blir offentlige anskaffelser, interessekonflikter og korrupsjon kritisert av EU.
Tidligere har EU-kommisjonen slått fast at en ny ungarsk lov som gjør det ulovlig å bistå asylsøkere, er uforenelig med EUs lovverk.
Ungarn og Polen mener ordningen i praksis utgjør en form for utpressing og at den må fjernes. Men EU-domstolen er altså ikke enig.
Domstolen påpeker at demokrati og rettsstatsprinsipper er avgjørende kriterier for land som ønsker å bli medlem av EU. Det kan ikke være slik at landene kan gi blaffen i disse prinsippene når de først er blitt medlem, slås det fast i kjennelsen.
I tillegg mener EU-domstolen at styringen av EUs budsjett kan bli alvorlig svekket hvis prinsippene brytes.
Kommisjonen har støtte fra flere nordeuropeiske land. Striden berører også Norge, som bidrar med flere titall milliarder kroner i EØS-midler som skal bidra til å redusere økonomiske ulikheter i Europa.
– Avgjørelsen i EU-domstolen er en viktig avgjørelse som også vi hilser velkommen. Det er naturlig at EU skjerper krav til bruken av sine midler, gitt den negative utviklingen, sier statssekretær Eivind Vad Petersson (Ap) i Utenriksdepartementet til NTB.
– Gjensidig tillit og respekt for grunnleggende demokratiske verdier er også en forutsetning for hele EØS-samarbeidet. Vi vil se nøye på hvordan vi kan stille tydelige betingelser og krav til bruken av norske midler i neste forhandlingsrunde om EØS-midler, sier han