Det varslede tiltaket trer nå i kraft ved grensene mot Luxembourg, Nederland, Belgia og Danmark.
Fra før er reisende fra Frankrike, Polen, Tsjekkia, Sveits og Østerrike blitt kontrollert.
Ifølge innenriksminister Nancy Faeser er målet å begrense illegal innvandring, stanse kriminelle og «identifisere og stoppe islamister på et tidlig stadium».
Polen og Østerrike har tidligere kritisert grepet. EU-kommisjonen har advart om at EU-medlemmene bare kan innføre denne typen tiltak i eksepsjonelle tilfeller.
Tyskland er med i Schengen-området, hvor det i prinsippet ikke skal være grensekontroll. I tillegg til de fleste EU-landene er også Sveits, Liechtenstein, Island og Norge med i Schengen-samarbeidet.
De tyske grensekontrollene skal i utgangspunktet vare i seks måneder, men kan bli forlenget.
(©NTB)