Landet planlegger å ta inn flere flyktninger framover, opplyser Tysklands innenriksdepartement.
Greske myndigheter og FN-organisasjoner må legge fram dokumentasjon på de mindreåriges opprinnelse og om de har slektninger i andre EU-land.
Tyskland har satt som mål å ta imot 500 enslige mindreårige og mindreårige fra de overfylte flyktningleirene i Hellas.
Til sammen skal 1.500 mindreårige bli flyttet fra Hellas til andre EU-land. Luxembourg har alt hentet de tolv første.
De 58 flyktningene som ankommer Tyskland lørdag, skal i karantene i to uker før de blir flyttet videre.
Norges statsminister Erna Solberg (H) sa i begynnelsen av april nei til å hente mindreårige flyktninger fra Moria-leiren i Hellas.
– Vi henter heller ikke kvoteflyktninger for øyeblikket, selv om vi skal det. Det er fordi vi er belastet i systemet vårt med alt det andre som foregår, sa hun blant annet.