Hendelsen fant sted 9. oktober i fjor. Stephan Balliet klarte ikke å ta seg inn i synagogen under den jødiske yom kippur-feiringen, men drepte i stedet en kvinne i gaten utenfor og en mann i en kebabkiosk i nærheten. Flere personer ble såret.
Da rettssaken startet tirsdag, sa 28-åringen at han angret på å ha drept kvinnen like utenfor synagogen. Han forklarte at det var en refleksbevegelse.
– Jeg er lei meg. Jeg angrer på det. Jeg skjøt flere hvite, det ville jeg ikke, sa han ifølge Mitteldeutsche Zeitung.
Når det gjelder drapet på mannen i kebabkiosken, uttalte Balliet at han bare angret på at han skjøt en hvit mann, ikke en muslim.
– Hvis det hadde vært en muslim, hadde jeg ikke noe problem med det i det hele tatt, sa Balliet, som risikerer livstid i fengsel.
Balliet filmet hele angrepet med et kamera montert på hjelmen og strømmet det 36 minutter lange opptaket på nettforumet Twitch. I opptaket kom han med hatefulle ytringer mot kvinner og jøder og fornektet holocaust.
Han har tidligere erkjent å ha vært motivert av høyreekstreme og antisemittiske holdninger.
28-åringen er tiltalt for 13 forhold, deriblant drap og drapsforsøk. Ifølge tiltalen var han utstyrt med åtte våpen og flere eksplosiver under angrepet.
Tyske myndigheter har trappet opp etterforskningen av landets høyreekstreme miljøer det siste året.
Det skjer etter drapet på den innvandringsvennlige lokalpolitikeren Walter Lübcke i Kassel, angrepet på Halle-synagogen og drapet på ni personer med utenlandsk opprinnelse i Hanau det siste året.