Antallet graver er ikke spesifisert, men funnet på den tidligere Marieval Indian Residential School i provinsen Saskatchewan er det største i landet til nå, melder CBC og Global News.
Detaljer rundt funnet blir lagt fram torsdag morgen lokal tid, ifølge canadiske medier.
Internatskolen ligger rundt 140 kilometer øst for byen Regina. Den var i drift fra 1899 til 1997.
Canadiske urbefolkningsgrupper har bedt myndighetene om å granske alle landets tidligere skoler for urfolk etter at det for noen uker siden ble funnet en massegrav med levninger av 215 barn ved en tidligere internatskole i Kamloops i provinsen British Columbia.
Mange av internatskolene for urbefolkningen i Canada ble drevet av Den katolske kirke. Skolene ble brukt for å få barna til å vende sin egen kultur ryggen, og tilegne seg vestlig kultur. De var i drift fra 1831 til 1996, og det var minst 130 slike skoler i Canada.