Tallet er nesten tre ganger det høyeste registrerte antallet for de fem siste årene sammenlagt, ifølge tall som Unicef la fram i en rapport mandag.
Nesten 20 prosent av alle migranter som tar seg gjennom den utilgjengelige jungelen, er barn, og halvparten av disse er under fem år gamle, ifølge rapporten.
Det finnes ingen veiforbindelse som knytter de to landene sammen. Området, kalt Tapón del Darién på spansk, er preget av tett jungel, elver og myrer og er blant de mest brukte krysningsstedene for migranter som drar nordover.
– Barn som krysser Darien, risikerer diaré, luftveissykdommer, dehydrering og andre lidelser som krever umiddelbart tilsyn, uttaler Unicef.
Så langt i år har minst fem barn blitt funnet døde i jungelen. Over 150 barn, blant dem nyfødte babyer, har dukket opp i Panama uten foreldrene sine.
Jungelen er tilholdssted for ville dyr og insekter. Det er mangel på trygt drikkevann, og området er tilholdssted for en rekke væpnede grupper som både driver med narkotikasmugling og menneskehandel. På colombiansk side har gerilja tidligere lagt ut landminer.
