Flyktningene ble drept med kniv da militssoldatene angrep Plaine Savo i Ituri-provinsen natt til onsdag, ifølge KST.
Ifølge lokale tjenestemenn og sikkerhetskilder ble over 50 mennesker drept i angrepet, mens en talsmann for regjeringshæren i området sier at 21 mennesker ble drept.
Angriperne mistenkes for å tilhøre den beryktede Codeco-militsen, som anklages for å ha stått bak en rekke etnisk motiverte angrep og massakrer i området.
Plaine Savo ligger i Djugu-området ved Albertsjøen, som utgjør grensa mot Uganda, der det lenge har pågått en intens strid mellom medlemmer av lendu- og hemafolket.
Titusenvis av mennesker ble drept i kamper mellom de to gruppene i årene 1999 til 2003, da en fredsstyrke fra EU rykket inn.
I 2017 blusset kampene opp på nytt, noe Codeco får skylden for. De hevder å forsvare lemufolkets rettigheter.
Minst 123 mennesker ble drept i angrep mot internflyktninger i området i november og desember, ifølge KST.
