Gjerdet skal bli 1.200 kilometer langt og skal bygges for å holde flommen av ulovlige innvandrere ute av USA.
Forslaget ble vedtatt med 80 mot 19 stemmer, melder AFP.
Det var republikanerne som skrev lovforslaget. Planen har tidligere utløst massive demonstrasjoner blant innvandrere i USA.
Bush ønsket i tillegg å innføre et gjestearbeiderprogram for å skape arbeidskraft til jobber som amerikanere ikke kan eller vil ta. Et slikt forslag fikk han imidlertid ikke gjennomslag for i Kongressen, fordi den konservative delen av det republikanske partiet gikk imot det.