– Det utenomrettslige senteret er et av flere taktikker Hellas benytter for å hindre en gjentakelse av migrasjonskrisen i 2015, skriver avisen.
Flyktninger som har vært holdt innesperret på senteret hevder at de ble behandlet som dyr, og The New York Times har satellittbilder som viser hvordan hundrevis ble holdt fanget under åpen himmel, selv om det regnet.
Greske myndigheter har ikke besvart avisens henvendelser om senteret som ligger utenfor landsbyen Poros, men har tidligere nektet for at noen blir returnert uten å få sine asylsøknader behandlet på forsvarlig vis.
Tåregass og vannkanoner
Journalister fra AFP har også oppsøkt området og var vitne til at flyktninger og migranter ble plukket opp av militære kjøretøy og umerkede varebiler for deretter å bli kjørt vekk.
Tusenvis av mennesker, mange av dem syriske krigsflyktninger, har ankommet Hellas etter at president Recep Tayyip Erdogan 28. februar åpnet grensa for dem som ønsker å søke asyl i europeiske land.
Greske grensevakter har imidlertid brukt tåregass, vannkanoner og sjokkgranater for å hindre asylsøkerne fra å krysse elva Evros og ta seg inn i landet.
Tvangsreturneres
Mange har likevel tatt seg inn i Hellas, men greske myndigheter har ikke villet si hva som skjer med dem der. Innbyggere og andre øyenvitner i grenseområdet forteller at mange blir tvangsreturnert.
– Hæren pleide å be oss om å frakte dem over, men nå gjør de det selv, sier en innbygger i grenseområdet.
Flere migranter forteller til The New York Times at de ble pågrepet, fratatt alle eiendeler, banket opp og tvangsreturnert fra Hellas, uten at de fikk anledning til å søke asyl eller snakke med advokat.
Tyrkiske tjenestemenn bekrefter at minst tre migranter er skutt og drept under forsøk på å krysse grensa fra Tyrkia til Hellas de siste to ukene.
Tyrkias president Recep Tayyip Erdogan gikk onsdag hardt ut mot Hellas i en TV-tale og anklaget landet for å bruke nazimetoder mot asylsøkere.
– Det er ingen forskjell på det nazistene gjorde og de bildene vi nå ser fra den greske grensa, sa Erdogan.
Tyrkia har tatt imot over 4 millioner flyktninger, de fleste fra krigsherjede Syria.
Mandag var den tyrkiske presidenten i Brussel for å forhandle med EU-ledelsen, og han fastholder at den tyrkiske grensa vil forbli åpen for alle som ønsker å ta seg til Europa, helt til EU gir etter for kravene han har stilt.