FNs Michelle Bachelet advarer mot en tragedie «i en forferdelig størrelsesorden» hvis ingenting gjøres for å hjelpe flyktningene.
Appellen kommer etter at Bangladeshs utenriksminister A.K. Abdul Momen i forrige uke sa at landet ikke vil la båtene legge til.
Hans avvisning kom bare dager etter at flere titall medlemmer av den muslimske minoriteten døde om bord på en båt. De hadde da ventet i to måneder på å få komme i land.
De to nye båtene antas å være i internasjonalt farvann, og målet er trolig Malaysia. Men en av dem skal ha blitt presset tilbake av Malaysias marine i forrige uke.
Det bor om lag én million rohingyaer i leirer i Bangladesh. De har flyktet fra Myanmar, der militæret har gjennomført brutale operasjoner mot rohingya-bebodde områder.
Det er meldt at over 500 menn, kvinner og barn er om bord i båtene, og at de kan ha vært på sjøen i flere uker. De trenger både mat, medisinsk hjelp og annen humanitær bistand, ifølge Bachelet.