Tiltaket omfatter Dadaab-leiren øst i landet, der 217.000 personer er innlosjert, og Kakuma-leiren nordvest i landet, der det bor 190.000 mennesker.
Varelevering til leirene fortsetter imidlertid som før, og bevegelser på humanitært grunnlag vurderes fra sak til sak, opplyser myndighetene.
Kenya har registrert 384 tilfeller av koronasmitte siden 13. mars. Det er ennå ikke meldt om koronasmitte i de to leirene, der det bor flyktninger fra Somalia, Sør-Sudan og Etiopia. Noen av dem har bodd i leirene i nesten 20 år.
– Et koronautbrudd i Dadaab kan bli en katastrofe. Karantenekapasiteten er på bare 2.000 mennesker, og det er etablert ett helsesenter for koronapasienter med 110 sengeplasser, samtidig som det bor 270.000 mennesker i området, skriver Cares landdirektør for Kenya, Philippa Crosland-Taylor, på Twitter.
De nye restriksjonene innebærer ingen stor endring for flyktningene, påpeker FNs høykommissær for flyktningers talskvinne Eujin Byun overfor AFP. Hun sier at det ikke har vært ferdsel inn og ut av leirene siden slutten av mars.