Regjeringen på Malta sier i en uttalelse at den fortsatt forsøker å inngå avtaler med andre europeiske land som kan ta imot migrantene.
Migrantene får nå komme i land fordi «situasjonen om bord på fartøyene begynte å bli vanskelig og det oppsto uro», opplyser myndighetene.
I mange uker har migrantene bodd på fire chartrede turistbåter utenfor Maltas territorialfarvann. De ble reddet fra båter som ikke var sjødyktige.
På grunn av at Malta hadde stengt havna på grunn av koronaviruset, ble migrantene plassert på båtene, og Malta ventet på at andre EU-land skulle gå med på å ta imot migrantene.
EUs menneskerettskommisjon sa denne uken at migrantene umiddelbart må få komme i land fordi forholdene om bord var uholdbare.
Frankrike har gått med på å ta imot noen migranter, men har ikke sagt hvor mange.