Reklamen bryter med det sosiale mediets retningslinjer, opplyste Facebook torsdag.
Reklamen inneholder en omvendt trekant, et symbol som ligner umiskjennelig på symbolet som det tyske naziregimet brukte for å merke politiske fanger i konsentrasjonsleirer.
Reklamen er et angrep på det Trumps valgkamp kaller «Den farlige mobben til venstreradikale grupper», skriver CNN.
Gruppen det siktes til, er den antifascistiske gruppen Antifa, og i reklamen blir Trumps tilhengere bedt om å støtte presidentens krav om at gruppen bør stemples som en terrororganisasjon.
– Vi tillater ikke symboler som representerer hatefulle organisasjoner eller hatefulle ideologier hvis de ikke kommer med en kontekst eller fordømmelse, sa lederen for Facebooks sikkerhetspolitikk, Nathaniel Gleicher, under en høring i etterretningskomiteen i Representantenes hus torsdag.
– Det er hva vi så i dette tilfellet med denne reklamen, og vi vil handle på samme måte overalt der dette symbolet blir brukt, la han til.
Tidligere torsdag hevdet Trumps valgkamp at den røde trekanten er et symbol som ofte blir brukt av Antifa.