Kongens uttalelse kommer i forbindelse med at Kongo feirer 60 år som uavhengig stat.
– Jeg ønsker å uttrykke mine dypeste beklagelser for fortidens sår hvis smerte vekkes opp igjen i dag av diskrimineringen som fortsatt er til stede i våre samfunn, skriver kong Philippe i et brev til Kongos president Felix Tshisekedi.
De store protestene mot rasisme og politivold som har brutt ut etter drapet på George Floyd i Minneapolis i mai, har også ført til en ny diskusjon om Belgias fortid som kolonimakt.
Ifølge historikere ble millioner av afrikanere fra området som nå utgjør Kongo drept og lemlestet, i tillegg til at de bukket under for sykdom mens de jobbet på gummiplantasjene som tilhørte Belgias kong Leopold II.
Kong Philippe nevner ikke Leopold ved navn, men han skriver at det i perioden ble begått voldelige og grusomme handlinger «som i dag tynger vår kollektive hukommelse».
Belgias tid som kolonimakt varte fra 1908–60.
Kong Philippe lover også å kjempe mot alle former for rasisme, og sier han ønsker å oppmuntre til refleksjon om temaet.
Flere statuer av Leopold, som var konge fra 1865 til 1909, er blitt påført maling eller revet ned av demonstranter i Belgia de siste ukene. Det er også startet en underskriftskampanje for å få dem revet.