Kystvakten og lokale fiskere fant likene nær kystbyen Sfax, opplyser en talsperson i forsvarsdepartementet til nyhetsbyrået AP.
Ifølge migrantene var det mellom 40 og 50 person om bord i båten som var på vei til Italia, sier talspersonen. Fem personer har blitt reddet. Migrantene var fra sør for Sahara.
Båten var overbelastet og i dårlig stand. Den opplevde mye vind torsdag morgen, noe som kan ta bidratt til forliset, sier en talsperson for nasjonalgarden. Marinen leter etter flere overlevende.
Tunisiske myndigheter sier at de nylig har fanget opp flere smuglerbåter med migranter, men at antallet forsøk har økt, særlig mellom Sfax-regionen og den italienske øya Lampedusa.
Over 1.100 migranter har dødd eller forsvunnet i Middelhavet i år, viser estimater fra Den internasjonale organisasjonen for migrasjon (IOM).
Smuglerbåter med migranter fra hele Afrika drar ofte fra kysten av Tunisia og Libya.
Flesteparten av migrantene som har ankommet Italia i år, er fra Tunisia (38 prosent). Deretter følger Bangladesh, Algerie, Pakistan og Egypt.