Charteret kritiserer fremming av islam for politiske formål, understreker at kvinner og menn er likestilt og tar avstand fra kjønnslemlestelse av kvinner, tvangsekteskap og såkalte jomfru-sertifikater for kvinner som skal gifte seg.
Frankrikes muslimske råd (CFCM), som for nærmere 20 år siden ble grunnlagt for å etablere dialog mellom landets muslimer og regjeringen, har undertegnet charteret.
Tre andre muslimske grupper gjorde det onsdag klart at de ikke kommer til å undertegne.
– Vi mener at visse deler og formuleringer i teksten trolig vil svekke tilliten mellom franske muslimer og nasjonen, heter det i en felles uttalelse fra de tre gruppene.
– Enkelte uttalelser er også fordomsfulle og rammer muslimers ære, og de er holdt i en anklagende og marginaliserende tone, heter det videre.
Macron gikk i november hardt ut mot dem som fremmet «politisk islam» i Frankrike etter at en lærer som hadde vist elevene karikaturer av profeten Muhammed, ble knivdrept utenfor en skole.
Fransk politi slo etter drapet til mot en rekke moskeer og organisasjoner som angivelig var samlingssted for ytterliggående islamister.