Fotojournalisten Hamdi al-Zaeem og nettredaktøren Ahmed Khalifa ble meldt savnet for rundt to uker siden etter at sikkerhetsstyrker raidet hjemmene deres.
Begge ble forrige uke stilt for en statlig sikkerhetsdomstol, som også anklaget dem for å «tilhøre en terrorgruppe».
– Disse to tvungne forsvinningene viser i hvilken grad behandlingen av journalister strider mot folkeretten, sier Sabrina Bennoui i RSF.
– I tillegg til å fengsle journalister, tar ikke myndighetene seg lenger bryet med å informere familiene eller fortelle dem hvorfor de har blitt fengslet, tilføyer hun.
President Abdel Fattah al-Sisis regjering har slått hardt ned på meningsmotstandere siden den daværende generalen ledet et kupp mot landets folkevalgte president Mohamed Mursi i 2013.
30 journalister er fengslet i Egypt, som ligger på 166. plass blant de 180 landene på RSFs pressefrihetsindeks.
FN definerer tvungen forsvinning som all form for frihetsberøvelse begått på vegne av, eller med tillatelse, støtte eller stilltiende samtykke fra staten. Når det er systematisk og organisert som en virksomhet, kan det defineres som forbrytelser mot menneskeheten.
De to journalistene antas nå å være sperret inne i det beryktede Tora-fengselet, ifølge Gamal Eid i den lokale menneskerettighetsgruppen Arab Network for Human Rights Information.
Høysikkerhetsfengselet huser mange av Egypts mest kjente dissidenter.
