Tre fartøy deltar i letingen etter de savnede, men det var kraftig vind i området der båten forliste, og arbeidet er vanskelig.
Det er ikke kjent hvilken nasjonalitet migrantene om bord hadde, eller hvor de var på vei.
Det tyrkiske nyhetsbyrået Anadolu melder også at en båt med 45 mennesker om bord sank sørøst for Kreta torsdag kveld, med henvisning til tyrkiske myndigheter.
Ifølge Anadolu var de 45 om bord syriske flyktninger som var på vei til Italia. Båten forliste angivelig etter å ha gått tom for drivstoff.
31 ble reddet om bord i et tyrkisk skip som befant seg i området, mens fem ble reddet av et gresk helikopter, ifølge det tyrkiske nyhetsbyrået.
To fregatter og et fly fra den tyrkiske marinen deltar i letingen etter de savnede, ifølge forsvarsdepartementet i landet.