De tre døde og de fleste av de sårede er kvinner og er pakistanere.
Tre menn ble i torsdag arrestert av pakistansk politi mistenkt for å stå bak. De tre antas å være medlemmer av den forbudte islamistiske gruppen Jaish-e-Mohammad, melder nyhetsbyrået AFP.
Sikkerheten ble økt kraftig rundt julefeiringen. Pakistan som er en islamsk nasjon har opplevd en rekke angrep rettet mot kristne det siste året.
Også onsdag ble det funnet to håndgranater og ammunisjon i en pose i nærheten av en kirke i Pakistans hovedstad, Islamabad.
Kirketjenestemenn fryktet at det var dem som var det overordnede målet for angrepet. Men de fortsatte likevel tjenestene som planlagt.
Siden Pakistan begynte å støtte den USA-ledede militærkampanje mot Afghanistan har det vært en rekke angrep på kristne, angivelig fra noen militante islamske grupper. Opptil 30 mennesker er drept og 100 såret hittil.