Ifølge kystvakten var det 84 menn, to kvinner og 31 mindreårige om bord i den ti meter lange farkosten som lå ankret opp i en bukt sør på Kreta.
Asylsøkerne skal ha fortalt at de hadde seilt ut fra Tobruk i Libya på torsdag, med kurs mot Italia.
Sammen med Italia har Hellas vært i frontlinjen for å ta imot migranter som ønsker å ta seg til Europa ved å krysse Middelhavet fra Tyrkia eller Nord-Afrika.
Rundt 45.000 asylsøkere kom til Hellas i fjor, og nesten alle ankom øyene som ligger nær den tyrkiske kysten. Det er ifølge FN det høyeste antallet på fire år.
I juni kantret en falleferdig båt og sank utenfor Pylos på Peloponnes. 82 mennesker ble bekreftet druknet, mens hundrevis ble meldt savnet og fryktes druknet. 40 av de overlevende har levert et gruppesøksmål mot greske myndigheter med påstand om at de ikke tok nødvendige tiltak før båten sank.