Minst 18.000 barn, noen helt ned i fireårsalderen, ble tatt med tvang fra foreldrene og plassert på skoler der det er dokumentert omfattende overgrep.
Praksisen pågikk i over 150 år, helt fram til 1969.
En fersk rapport fra myndighetene beskriver en rekke tilfeller av fysisk, psykisk og seksuell mishandling, og minst 973 barn døde på internatskolene.
Biden omtalte fredag overgrepene som et av landets «mørkeste kapitler» og «en skamplett på amerikansk historie».
– Det fins ingen unnskyldning for at det tok 50 år før denne unnskyldningen kom, sa Biden.
Demokratene håper at Bidens besøk hos urfolk i Arizona vil sikre partiets presidentkandidat Kamala Harris økt støtte i den viktige vippestaten, der et gjennomsnitt av de siste meningsmålingene viser at Donald Trump leder.
Enkelte har imidlertid påpekt at Biden alt for to år siden lovet å besøke landets urbefolkning, men at han først fant tiden inne nå.