Demonstrasjonen var lagt slik at den falt sammen med besøket til pavens utsending, erkebiskop Cristophe Pierre.
De kidnappede barna blir brukt som soldater eller seksuelt misbrukt av opprørerne.
I helgen sa regjeringen at den hadde reddet rundt 250 barn som var blitt bortført av opprørsbevegelsen Herrens motstandshær (LRA).
Barna, i alderen 12-18 år, ble reddet fra opprørerne under sammenstøt med regjeringssoldater i distriktene Gulu, Kitgum og Pader.
LRA har kjempet en brutal krig mot regjeringshæren i 17 år og har som mål å gjøre Uganda til en kristenfundamentalistisk stat med De ti bud som grunnlov.