Ifølge avisen Boston Globe, som har gransket de militære rullene, forsvant Bush fra tjeneste i et helt år, uten å kunne redegjøre for hvorfor han ikke stilte opp. Han anklages nå for å ta ha tatt ett års tjuvperm.
Bush brukte sin fars forbindelser slik at han fikk tjenestegjøre i nasjonalgarden i stedet for å bli innkalt til forsvaret og bli sendt til krigen i Vietnam. Han søkte og fikk overføring til nasjonalgarden i Alabama, men ifølge offiserer i Alabama møtte han aldri til tjeneste.
Bush har påstått at han møtte til tjeneste, men har ikke kunnet fortelle hvor og hva han gjorde. Med hjelp av venner i nasjonalgardens ledelse fikk han i oktober 1973 dimittere åtte måneder før tiden for å begynne på Harvard Business School.