Meningokokksykdom
Etter et stort utbrudd av meningokokk A i 1987 ble det innført påbud om vaksine mot meningokokk A+C for alle som skulle på Hajj. Imidlertid kom det et utbrudd av meningokokk serotype W-135, så nå må alle ha vaksine mot meningokokk ACWY.
Andre luft- og dråpebårne sykdommer
Svært mange av deltagerne får akutt bronkitt, og influensa- og pneumokokkvaksine bør tas av alle eldre og de med luftveisplager. Det er også en viss risiko for tuberkulosesmitte.
Mat- og vannbårne sykdommer
De fleste som reiser på Hajj er vokst opp i områder hvor det er stor sannsynlighet for at man er naturlig immun mot hepatitt A.
Blodbårne sykdommer
Barbering av hodet inngår som en del av seremoniene, ofte med barberkniver som brukes på flere personer. Dette gir risiko for hepatitt B og C, og i prinsippet også for HIV. Helsemyndighetene i Saudiarabia arbeider for tiden med å få barbererne til å barbere i tråd med hygienisk forsvarlig standard. Hepatitt B lar seg forebygge med vaksinering.
Fysiske helserisikoer
Dagtemperaturen i Saudiarabia kan komme opp i 55 grader Celcius, og når strålevarmen fra solen kommer i tillegg er det stor risiko for heteslag. Det er også en risiko for solbrenthet, særlig hos menn, som må ha overkroppen blottet. Da parfyme er forbudt under Hajj, må man bruke parfymefri solkrem.
Det er også sett forbrenninger på føttene fordi pilgrimmene må gå barfotet i de hellige områdene.
Slakting av lam inngår også i ritualene, og når det blir utført av ukyndige gir det en betydelig risiko for skader på hendene.
En betydelig risiko er faren for å bli klemt av trykket en stor folkemasse kan utøve, i verste fall kan man bli tråkket i hjel.